Исчезновение Харухи Судзумии

Кодзан Хироюки, обычный старшеклассник, мечтающий о встрече с инопланетянами, путешественниками во времени и эспами, неожиданно знакомится с эксцентричной и яркой Харухи Судзумией. Девушка, скучающая от обыденности, объявляет о создании собственного клуба — Бригады SOS, чья миссия заключается в поиске всего сверхъестественного. К своему удивлению, Кён становится её первым recruitом, а вскоре к ним присоединяются застенчивая Микуру Асахина, тихая Юки Нагато и слишком правильный Ицуки Коидзуми.

Вскоре Кёну открывается шокирующая правда: все новые знакомые являются настоящими представителями тех сил, что он искал. Микуру — путешественница из будущего, Юки — интерфейс инопланетной «человеческой» интеграции, а Ицуки — эспер. Вся их деятельность направлена на наблюдение и контроль за Харухи, которая, сама того не ведая, обладает силой Бога, способной по её прихоти переписать реальность. Сюжет закручивается вокруг таинственного исчезновения самой Харухи, после которого мир начинает медленно стираться, и только Кён, не обладающий никакими способностями, должен разгадать загадку и вернуть всё на свои места, пока реальность не исчезла полностью.