Евангелион нового поколения: Конец Евангелиона

После поражения Нерва от сил Японского правительства, Токио-3 лежит в руинах. Синдзи Икари, окончательно сломленный предательством Аски и смертью Каору, отказывается от борьбы и ищет утешения в глубокой апатии. Тем временем организация SEELE, видящая в Нерве лишь помеху, инициирует свой собственный, тотальный План по дополнению человечества. Они захватывают контроль над Евами-серий и начинают штурм штаб-квартиры Нерва, стремясь уничтожить последнее препятствие на пути к своей цели — Лилу.

В эпицентре хаоса миссия Ritsuko Akagi по уничтожению дубликатов Евы-01 проваливается, а Rei Ayanami, вырвавшаяся из-под контроля Гэндо, сливается с Адамом в теле Лилит, запуская План дополнения человечества по сценарию Сёки. Реальность начинает рушиться, а души всех людей покидают физические оболочки, сливаясь в единый океан сознания. Синдзи, оказавшись в сердце этого апокалипсиса внутри Евы-01, должен сделать окончательный выбор: принять конец индивидуальности и вернуться в иллюзорный комфорт единства или же отвергнуть его, обрекая себя и человечество на болезненное, но единственно настоящее существование, полное боли и возможности быть понятым.